Hlavný rozdiel: FAT32 a NTFS sú systémy súborov a diskové štandardy používané na rozdeľovanie a formátovanie pevných diskov. V porovnaní s tým je FAT32 staršia a jednoduchšia verzia systému NTFS, ktorá je nová a dobre vybavená verzia súborového systému.

FAT32 je verzia tabuľky alokácie súborov, ktorá je k dispozícii v operačných systémoch Windows 95 OSR 2 a Windows 98. Je to bežný súborový systém, ktorý sa používa vo väčšine počítačov. Systém súborov získal svoje meno z toho, že používa tabuľku 32-bitovej pamäte. Jeho základnou funkciou je zaznamenávanie diskových adries každého súboru počas oddielu. Súborový systém môže mať až 24 oddielov, ktoré môžu byť v rozmedzí od 32 MB do 137 GB. Tieto oddiely pracujú pod operačným systémom Windows 9x a zodpovedajú za dostupnosť priestoru na pevnom disku. Existujú obmedzenia operačného systému Windows 9x, ktoré je potrebné zvážiť pri sprístupňovaní oddielov. Všetky ostatné operačné systémy používajú súborový systém FAT32 podľa ich súladu a schopnosti. Súborový systém FAT32 sa zvyčajne používa ako prostriedok na ukladanie súborov v počítači s operačným systémom Windows 9x na oddieli nepresahujúcom 126 GB.

FAT32 poskytuje nasledujúce vylepšenia v porovnaní so staršími verziami FAT:

• FAT32 podporuje jednotky s veľkosťou až 2 terabajty.
• FAT32 efektívnejšie využíva priestor.
• FAT32 používa menšie klastre (tj 4-KB klastre pre jednotky s veľkosťou až 8 GB), čo vedie k 10 až 15% efektívnejšiemu využitiu miesta na disku vzhľadom na veľké jednotky FAT alebo FAT16.
• FAT32 je robustnejší v porovnaní so staršími verziami FAT.
• FAT32 je flexibilnejší; jej koreňová zložka riadi obyčajný reťazec klastrov, ktorý umožňuje súborový systém byť k dispozícii v každom rohu na jednotke.

NTFS je pokročilý a vybavený bohatým súborovým systémom. Skratka NTFS znamená Nový systém súborov technológií. Tento súborový systém je najpokročilejší a najnovší súborový systém; má veľmi pokročilé techniky písania, zlepšuje bezpečnosť a vysokú schopnosť využitia priestoru. Pri formátovaní je pevný disk rozdelený na oddiely alebo hlavné časti. V rámci každého oddielu operačný systém sleduje všetky súbory, ktoré sú uložené v danom OS (operačný systém). Preto každý súbor je teraz uložený na pevnom disku v jednom alebo viacerých klastrových alebo skupinových formátoch, ktoré sa pohybujú od 512 bajtov po 64 bajtov. Súbory sa nahrávajú do špeciálneho formátu súborov v systéme NTFS. Tento formát súborov je známy ako hlavná tabuľka súborov (MFT). Tieto záznamy sa ďalej používajú na vyhľadanie súborov, ak sú rozptýlené medzi klastre. NTFS sa tiež pokúša nájsť priľahlý úložný priestor, ktorý drží celý súbor spolu s jeho zoskupeniami.

Niektoré z najdôležitejších funkcií NFTS sú:

• Systém NTFS používa schému adresárov b-tree na sledovanie súborových klastrov.
• Systém NTFS ukladá informácie o akomkoľvek klastri súborov a iných údajoch.
• NTFS podporuje veľké súbory (v rozsahu od 2 do 64. alebo približne 16 miliárd bajtov vo veľkosti).
• Systém NTFS pozostáva z zoznamu prístupových kontrol (ACL), ktorý umožňuje správcovi servera ovládať používateľa, ktorý pristupuje k určitým súborom.
• NTFS má integrovaný systém kompresie súborov.
• NTFS podporuje Unicode, ktoré sú založené na názvových systémoch.
• NTFS spolu s dlhšími názvami súborov tiež podporuje názvy "8 x 3".
• Poskytuje bezpečnosť údajov na vymeniteľných a pevných diskoch.

Porovnanie medzi systémami FAT32 a NTFS:

	FAT32	NTFS
akronym	Tabuľka priradenia súborov 32	Nový systém súborov technológií.
zaviedla	Bol zavedený v roku 1977.	Bol zavedený v roku 1993.
Oni sú	FAT32 je štandardný systém, pretože podporuje viac verzií systému Windows.	Systém NTFS je podporovaný v novších verziách systému Windows, ako sú napríklad Windows XP, Windows 2000 a novšie.
verzia	FAT32 je starší súborový systém spoločnosti Microsoft.	NTFS je súčasný systém súborov používaný systémom Windows.
Veľkosť súboru	Maximálna veľkosť súboru 4 GB.	Veľkosť súboru je obmedzená veľkosťou zväzku.
Podpora a požiadavka OS	Nepodporuje službu Active Directory systému Windows 2000 alebo Windows 2003.	Vyžaduje použitie Windows 2000 alebo Windows 2003 Active Directory alebo zdieľaných klastrových jednotiek.
prístup	Nedovoľuje prístup k súborom na pevnom disku pomocou programu MS-DOS.	Nedovoľuje prístup k súborom na pevnom disku pomocou programu MS-DOS.
Možnosť obnovenia	Nemá možnosť automaticky obnoviť niektoré chyby súvisiace s diskami.	Má schopnosť automaticky obnoviť niektoré chyby súvisiace s diskami.
Rýchlosť spracovania súborov	V procese prenosu súborov je pomalý.	V procese prenosu súborov je rýchlejší.
Metóda kompresie súborov	FAT32 nepodporuje kompresiu súborov.	NTFS podporuje kompresiu súborov.
konverzie	FAT32 je možné previesť na systém NTFS.	Je ťažké previesť NTFS späť na FAT32.