Kľúčový rozdiel: Archaea sú jednobunkové organizmy, ktoré nemajú jadro a uvoľňujú metán ako produkt metabolizmu. Baktérie sú jednovrstvové organizmy, ktoré nemajú jadro, mitochondriu, chloroplasty, golgibody a ER.
Organizmy sú pre našu existenciu dôležité, pretože ľudia a všetky ostatné živé bytosti sa z nich vyvíjali. Organizmy možno rozdeliť do dvoch kategórií: eukaryot a prokaryot. Prokaryotové mikroorganizmy je možné ďalej rozdeliť do troch oblastí: eukarya, baktérie a archea. To sa môže stať trochu mätúce, pretože tieto dva vzhľady sú podobné a často sa môžu zameniť na základe samotného pohľadu, aj keď sa tieto vzájomne líšia mnohými spôsobmi.
Archaea je podobná baktériám v tvare a veľkosti; odtiaľ pochádza zmätok, avšak niektoré archea majú veľmi neobvyklé tvary, ako sú napríklad organizmy Haloquadratum walsbyi, ktoré majú ploché a štvorcové tvary. Archaea sú tiež najstaršími organizmami, ktoré boli objavené. Rozsah pohybujú sa v rozmedzí od 0, 1 mikrometru (μm) do priemeru viac ako 15 μm a vyskytujú sa v rôznych tvaroch, vrátane guľôčok, tyčí, špirál, dosiek, lalokov, ihlovitých vlákien a obdĺžnikových tyčí. Hoci archaea vyzerá podobne ako baktérie, má gény a metabolické dráhy, ktoré sú podobné eukaryotom, vrátane tri RNA polymerázy. Archaea sa spolieha na éterické lipidy v bunkovej membráne na prežitie. Ďalšou jedinečnou vlastnosťou archaie je, že môžu prežiť v extrémnych podmienkach, ako je extrémne horúca, extrémne studená alebo extrémne slaná voda. Taktiež bunkové steny archae nemajú peptidoglykán, ktorý je prítomný v baktériách. Vo väčšine archaée je stenu zostavená z proteínov povrchovej vrstvy, ktoré tvoria tuhý súbor proteínových molekúl, ktoré pokrývajú vonkajšiu časť bunky podobnú reťazovému reťazcu. Archaea získava energiu z rôznych zdrojov, ako sú cukry, čpavok, kovové ióny, vodíkový plyn, slnečné svetlo a uhlík, zatiaľ čo produkujú dusík, metán, kyselinu sírovú a podobne ako vedľajší produkt. Archaea sa rozmnožuje prostredníctvom opatrení, ako je binárne štiepenie, rozdrobenosť alebo rozmnožovanie. Archaea hral a naďalej zohráva veľkú úlohu v cykle uhlíka a dusíku na Zemi.
Baktérie sú najväčšou doménou prokaryotických mikroorganizmov. Predpokladá sa, že patria medzi prvé formy života, ktoré sa objavili na Zemi a sú prítomné na väčšine biotopov, vrátane pobytu v telách ľudí, zvierat a rastlín. Odhaduje sa, že na Zemi je približne päť nonionov (5 × 10 ^ 30) baktérií. Hoci pôvodne boli baktérie považované za rastliny tvoriace triedu Schizomycetes, sú teraz zaradené pod prokaryotes. Na rozdiel od buniek eukaryotov, bakteriálne bunky neobsahujú jadro a zriedka majú membrány viazané organely. Termín "baktérie" je množné číslo latinskej "baktérie" a je odvodený z gréckych βακτήριων (baktērion) a baktérií (baktēria), čo znamená "personál, trstina" s odkazom na tvar organizmov, čas. Termín "baktérie" sa používal na označenie všetkých prokaryotov, hoci sa neskôr zmenil, pretože ďalšie objavy zistili rozdiely medzi organizmami.
Baktérie majú zvyčajne niekoľko mikrometrov na dĺžku a nachádzajú sa v rôznych tvaroch vrátane kokov, bacilov, vibrio, spiril, spirochét a kuboidov. Bakteriálne bunky predstavujú približne jednu desatinu veľkosti eukaryotických buniek a typicky majú dĺžku 0, 5 až 5 mikrometrov. Tvar baktérie je určený bunkovou stenou a cytoskeletom, ktorý sa mení a prispôsobuje tak, aby získal správne živiny, pripevnil sa k povrchom, plával kvapaliny a unikol predátorom. Bakteriálna stena je obklopená lipidovou membránou, ktorá obklopuje a uchováva živiny, proteíny a ďalšie základné zložky cytoplazmy v bunke. Ako prokaryotes, baktérie nemajú membrány viazané organely a preto obsahujú niekoľko veľkých intracelulárnych štruktúr. Chýba skutočné jadro, mitochondrie, chloroplasty a ostatné organely. Majú tiež iba jednu RNA polymerázu. Bunková membrána obsahuje esterové väzby, zatiaľ čo bunkové steny sú vyrobené z peptidoglykánu. Bakterie rastú a rozmnožujú sa nešpecificky prostredníctvom binárneho štiepenia.
Baktérie sú dôležitou súčasťou planéty a hrajú obrovskú úlohu pri recyklácii živín, ako je fixácia dusíka z atmosféry a hniloba. Dokonca aj v extrémnych podmienkach poskytujú baktérie živiny potrebné na udržanie života premenou rozpustených zlúčenín, ako je sírovodík a metán. Baktérie môžu taktiež poškodiť telo tým, že produkujú rôzne choroby u ľudí, ako sú respiračné choroby, HIV atď. Pre mnohé ochorenia sa antibiotiká používajú na zbavenie sa telo poškodzujúcich baktérií. Baktérie majú aj iné využitia, ako je čistenie odpadových vôd, rozpadanie ropných škvŕn, produkcia syrov a jogurtu, získavanie zlata, paládia, medi a iných kovov.